怎么查上下游基因（基因检测上下游）

如何查找感兴趣的通路:KEGG数据库(一)

〖One〗、访问KEGG数据库 首先，打开浏览器，输入KEGG数据库的网址：https：//。这是KEGG数据库的主页，页面布局清晰，包含搜索栏、简介、内容导航、子数据库列表、选取不同物种以及分析工具等多个模块。使用搜索栏查找感兴趣的基因或通路 在搜索栏输入关键词：在KEGG主页的最上方，有一个搜索栏。

〖Two〗、点击右侧“示例数据”链接下载Excel格式的示例数据。示例数据包括两列：第一列是富集的pathway通路名字，第二列是该富集通路中包含的基因与做富集分析时所输入的基因的交集基因个数。粘贴输入数据 直接拷贝示例数据中的AB两列数据，然后粘贴到输入框中。注意，不是拷贝Excel文件，而是拷贝Excel文件里边的数据。

〖Three〗、使用工具绘制通路时，用户需要首先打开KEGG Pathway二级分类汇总绘制页面。在该页面，用户可以通过导航栏、输入框和可选参数进行操作，并查看描述和结果示例。 为了方便操作，工具还提供了示例数据下载链接，其中包含富集分析得到的pathway名称和该富集通路中包含的基因与用户输入基因的交集基因个数。

〖Four〗、KEGG富集分析：利用enrichKEGG函数对转换后的Entrez ID进行KEGG通路富集分析，设置p值和q值的 cutoff 为0.05，以筛选出显著富集的通路。结果筛选与合并：从富集分析结果中筛选出p值小于0.05的通路，并通过inner_join函数将这些通路与通路关系文件合并，以便根据KEGG一级类目对通路进行分类。

〖Five〗、在“Select Pathway Database Version”中选取你感兴趣的KEGG数据库版本。在“Select Correction Method for Multiple Testing”中选取校正方法（如Benjamini & Hochberg）。点击“Submit”开始分析。查看并下载结果 分析完成后，在结果页面查看富集的通路、基因以及校正值等信息。点击“Download”下载结果文件。

〖Six〗、根据疾病或表型找相关通路根据确定的分子查询相关通路根据差异分子列表构建通路网络如何使用KEGG数据库 根据疾病或表型找相关通路步骤：访问KEGG官方网站。在搜索框中输入疾病名称或表型关键词。点击搜索按钮，浏览返回的通路列表。选取感兴趣的通路，点击进入详细页面。

3个基因的上下游关系怎么判断?

比较A　B两基因的上下游关系：A基因单突变体的表型＝（A＋B）双突变体的表型，则A基因是下游基因，B基因是上游基因。

具体来说，基因的5端被称为上游，3端被称为下游。在基因序列中，从转录起始位点开始，向5方向编号为负数，如-1，-2等，而向3方向编号为正数，如+1，+2等。例如，TATA盒（一段含有TATAAA序列的区域）通常位于转录起始位点的上游-25至-30个碱基的区域。

Q：怎么用双突变体确认两个基因的上下游关系？ A：双突变体（A+B）为单突变体A的表型，则基因B在上游。 总开关是下游 。

一句话知识点:基因上下游关系确定

Q：怎么用双突变体确认两个基因的上下游关系？ A：双突变体（A+B）为单突变体A的表型，则基因B在上游。 总开关是下游 。

比较A　B两基因的上下游关系：A基因单突变体的表型＝（A＋B）双突变体的表型，则A基因是下游基因，B基因是上游基因。

基因在染色体上的上游和下游是指基因相对于起始子和终止子的位置：上游：如果一个基因位于染色体上靠近起始子的位置，即靠近表达的起点，那么该基因就被称为上游基因。起始子是染色体表达过程中的关键区域，它含有启动转录的特定碱基序列，负责启动复制和转录活动。因此，上游基因离起始子更近。